Nõukogude Liidu lõpuaastatel ehk kaheksakümnendate aastate lõpus muutusid võitluskunstidega seotud keelud formaalseks ja hakkasid põranda alt välja tulema. Aikido`t harrastavate entusiastide rühm aga oli  kahanenud, kuid sellest hoolimata tegevus jätkus. Uueks kooskäimise kohaks sai Rüütli tänava kirikuruumides asunud poksi- ja maadlussaal. Täna kuulub see taas oma õigusjärgsele omanikule, Tallinna Rootsi-Mihkli kogudusele.

Kui Eesti taasiseseisvus ja keelud võitluskunstidele kadusid, tekkis ala jätkajatel, kelleks olid Ants Tedresaar ja Rein Ausmees, mõte luua ametlik Aikido klubi. Arvamust sai küsitud ka Jormalt, kelle seisukoht oli suureks toeks klubi loomisel.

Ametlik klubi loodi 1991 aastal Tallina Aikidoklubi nime all, mis täna kannab nime Tallinna Aikidoklubi Taikikai.

Sama aasta suvel oslesid Rein ja Ants Soome Aikidoliidu traditsioonilisel suveseminaril. Seminari õpetajaks oli Aikido looja Ueshibo, Morihei üks lähimaid õpilasi ehk uchi deshi`sid Yasuo Kobayashi sensei. Tema poolt said uue klubi loojad ka oma esimesed kinnitatud vöötasemed, milleks oli II kyu.

Aikido arenes Eestis ka idapoolsete kanalite kaudu, seda peamiselt venekeelses keskkonnas ja mille eestvedajaks oli Andrei Dikarev.  1995 aastal liitus rühm Euro-Aasia Föderatsiooniga, mis koondas endas aikidotegijaid endistelt Nõukogude Liidu aladelt. Tänaseks on sellest rühmast välja kasvanud klubi Dojin, Dmitri Meštšerjakovi juhtimisel.

Esimesed treeningud toimusid mõlemal rühmal ülalmainitud Rüütli tänava poksi- ja maadlussaali ruumides.

1992. aastal korraldati koostöös Soome Aikidoliiduga esimene Aikido demonstratsioonesinemine ja treeningupäev Tallinnas. Kohale tuli Soome aikido eliit eesotsas Yasuo Kobayashi senseiga ja 1995 aastal toimus Tallinnas seminar Masatake Fujita sensei juhendamisel, seekord oli korraldajaks Andrei Dikarev ja Euro-Aasia Föderatsioon.

Eesti Aikido arendamise pioneerideks võib pidada Andrei Dikarevi, Ants Tedresaart ja Rein Ausmeest.

 Aikido Aikikai ühingud Eestis

Aikido arenedes tekkisid ajapikku uued Aikidoklubid üle Eesti, mis omakorda eeldas vajadust koordineerida kohalikku Aikidoliikumist. Tõuke sellele andis Aikido Aikikai Hombu „peameister“, Dōshu Moriteru Ueshiba Tallinna külastus 2005 aastal, kus ühises lõunalauas Eesti aikidoklubide esindajatega toonitati ajadust koostöö järele.

2006 aastal loodi  Eesti Aikidoliit (lühendatult EAL), mille põhikiri kinnitati 14 dets. 2006. Liidu asutajaliikmeid oli 6.

–          Aikidoklubi Musubi;

–          Aikidoklubi Taikikai;

–          Klubi Tessen;

–          Pärnu aikidoklubi Singikai;

–          Spordiklubi Dojin;

–          Spordiklubi Mado.

Hiljem lisandusid liiduga veel klubid

–          Aikidoklubi Agatsu;

–          Aikidorühm Arashi;

–          Aikidoklubi Yamaneko

–          Spordiklubi Momidzi

–          Tartu Aikidoklubi

Lisaks EAL`le loodi 2008 aastal ka teine ühendus nime all Eesti Aikido Föderatsioon, mille tegevus tänasel päeval on aga peatunud.

Ajapikku on osad EAL liikmed oma tegevuse lõpetanud või Liidust eemaldunud ja ühinenud teiste ühingutega.

Tänasel Eesti Aikido Aikikai maastikul on aktiivselt tegutsevad kolm ühendust:

–          Eesti Aikidoliit, mis koondab endas kuute Aikidodojot üle Eesti.

–      Centre Kumano Tallinna Aikidoklubi Taikikai. On osa rahvusvahelisest ühendusest Centre Kumano ehk Kumano keskus ja koondab   endas viite Aikidodojot üle Euroopa.  

–          Tartu Aikidoklubi, mis tegutseb Prantsuse Aikidoõpetaja Philippe Gouttard ühingu juures

Lisaks Aikikai dojode ja ühenduste on tegutsenud ja tegutsevad ka teised Aikido nime kandvad ühendused, nagu:

–          Real Aikido Eesti Keskus – infot tegevuse kohta pole saaaval;

–          Ki Aikido Narva dojo – info tegevuse kohta puudulik.

–          Sobukai Eesti – õpitakse erinevaid alasid, kaasa arvatud harjutatakse Takeda Ryu Aikido – Aiki-No-Jutsu`t

Aikido Aikikai liikumine on Eestis kõige mõjukam. Lisaks kohalikele seminaridele ja treeningupäevade korraldavad ja osalevad ühendused ka rahvusvahelistel  seminaridel.

2013 aasta oktoobris St.Peterburgis (Venemaa) toimunud II maailma võitlusmängudel (World Combat games 2013) esindas Aikido  demonstratsiooniesinemisel Eesti aikidoliitu klubi Dojin Dmitri Meštšerjakovi juhtimisel.

EAL korraldatav aasta peamiseks sündmuseks on olnud Aikikai Hombu õpetaja(te) poolt juhendatavad seminarid.